故事以前作《科学小飞侠Crowds》的后续剧情展开。距离“立川事件”已经过了一年，当初贝尔库·卡切赋予尔乃美家累的力量“CROWDS”在日本首相菅山的推广之下已在人类社会当中广泛普及。然而仍然存在着对此感到不满的人们，此时菅山遭到不明人士的袭击，GATCHAMAN的全新战斗就此揭开序幕。
这次的敌人，为了在电视系列最后展开大激斗的安培拉星人而秘密制作了传说之铠甲：暗黑铠甲。 发挥安培拉星人级的蛮力和魔力的这件铠甲为何会开始活动？ 另外，身穿铠甲的是人是谁，而且，他的目的是什么？ 谜中谜呼之欲出展开中，加入奥特兄弟的年轻勇者·梦比优斯和相原 龙率领GREW GUYS再次合力，挑战暗黑铠甲。 加上新队员加入CREW GUYS，以五十岚隼士饰日比野未来为首的迷友们所熟悉的电视系列正式演出者共同出演描绘这次的故事，梦比优斯等人和暗黑铠甲之间的白热化的攻防战，分成两卷描写。
玉木真理（水濑祈 配音）是就读于多多良西高中二年级的女生，生性活泼开朗的她是一个容易对新鲜事物产生好奇心的女孩，但是本性中的谨慎和胆小又让她对这些事物往往浅尝辄止，无法深入。这一天，真理邂逅了名为小渕泽报濑（花泽香菜 配音）的同学，她的母亲是一名南极观测队队员，因此，从 很小的时候起，真理就对南极这片冰封的土地充满了好奇。在报濑的影响下，真理开始向往踏上南极的土地。性格开朗在便利店打工的三宅日向（井口裕香 配音）、虽然年龄小但意外的老成的白石结月（早见沙织 配音），在“南极Challenge”的队长藤堂吟（能登麻美子 配音）的带领下，少女们向着梦想开始了进发。
漫画第11卷捆绑OAD
异次元空间，一脸幸福心情愉快的小兰正在赶往和雷易约会的地点，途中她遇到一个小贩。小贩向她推荐一种“夺魂糖”，吃下这种糖的人头顶会出现一颗心，抓着这颗心的人就会拥有对方的爱情。小兰高高兴兴买下了糖，谁知贪吃的雷易总会先她一步把头顶上的心吃掉，失望的小兰无功而返，把夺魂糖当作垃圾扔给了拉姆。不知情的拉姆吃下了糖，狡猾的阿当很快就知道了糖的用途。他企图利用夺魂糖实现建立后宫的梦想，但拉姆怎会让他胡作非为呢？一场大混战随即爆发……
虽然说青春期的男孩子对女孩子感兴趣是极为正常和健康的事情，但少年横寺阳人（梶裕贵 配音）显然已经超出了正常的范围，在他的脑子里，除了妹子外别无他物，就连加入田径社这么热血的事情，也只是因为可以看见游泳社的女孩子们穿泳装。田径社社长似乎想把自己的位子传给阳人，而阳人温吞的性格导致他根本无法拒绝。当好友告诉阳人向不笑猫像许愿可以解决烦恼的时候，阳人仿佛看到了新的希望。在前往许愿的途中，阳人遇到了少女筒隐月子（小仓唯 配音），她也是赶来向不笑猫像许愿的。就这样，阳人和月子的愿望实现了，前者丢掉了“表面功夫”而后者再也说不出“真心话”了。实现愿望后的生活并不如想象般的美好，在吃尽了苦头之后，阳人和月子决定联合起来，誓要取回他们失去的东西。
