某天，时隔10年回到日本的少年一希东，突然遭到武装男子们的袭击，并被囚禁起来。而救出了东的人，是青梅竹马的少女朝吹黄金，以及有着右手形态、拥有意志的武器“舞武器”。知道了“舞武器”的存在，以及自身也是“舞武器使者”的东，与遇到的同伴们一起，为了让沉眠于地下、被称为“王舞”的舞乱伎（巨人）复活而开始行动。
表面看来，砂户太郎（福山润 配音）不过是一介普通少年，但在那人畜无害的面孔之下，隐藏着极为扭曲的个性，没错，砂户太郎是那种一旦被女性粗暴对待就会兴奋的浑身发抖的超级受虐狂！砂户太郎一直深深爱恋着被称为“志穗璃公主”（佐藤利奈 配音）的神秘女子，为了成为能够配得上公主的人，砂户太郎决定好好的进行一番自我修炼，就这样，他来到了传说中能够实现愿望的第二义工社。迎接砂户太郎的，是名为石动美绪（竹达彩奈 配音）的金发女子，在她娇俏可人的外表之下，隐藏着专横跋扈残暴无理的一面。此外还有外冷内热的紫发少女结野岚子（早见沙织 配音），在一连串匪夷所思的意外事件之后，砂户太郎对于自己是否真的能够完成心愿产生了深深的怀疑。
在遥远的神话时代，冥王哈迪斯曾率领108冥斗士向人类世界发起攻击，智慧女神雅典娜则率圣斗士们奋起迎敌。连番苦战之后，哈迪斯及其军团战败，他们全部被雅典娜封印，而圣斗士也几乎损伤殆尽。数千年后，女神的封印失去效力，古塔中的冥斗士又重新蠢蠢欲动。复活后的哈迪斯及其冥斗士将魔爪伸向圣域。连番恶战，圣域几近毁灭。参透阿赖耶识的处女座圣斗士沙加和女神雅典娜以活体闯入冥界。青铜5人组以女神之血修复业已破损的圣衣，随后闯入潘多拉城。战场移到黑暗的冥界，一场绵亘了数千年的正邪大战就此展开……
玉木真理（水濑祈 配音）是就读于多多良西高中二年级的女生，生性活泼开朗的她是一个容易对新鲜事物产生好奇心的女孩，但是本性中的谨慎和胆小又让她对这些事物往往浅尝辄止，无法深入。这一天，真理邂逅了名为小渕泽报濑（花泽香菜 配音）的同学，她的母亲是一名南极观测队队员，因此，从 很小的时候起，真理就对南极这片冰封的土地充满了好奇。在报濑的影响下，真理开始向往踏上南极的土地。性格开朗在便利店打工的三宅日向（井口裕香 配音）、虽然年龄小但意外的老成的白石结月（早见沙织 配音），在“南极Challenge”的队长藤堂吟（能登麻美子 配音）的带领下，少女们向着梦想开始了进发。
平凡的高中生相川步，在莫名其妙的因缘下被卷入震惊社会的连环杀人案中身亡，但他竟然死而复生了。原来在事件发生之前与步偶然邂逅的死灵法师优，将他变成了僵尸而复活。再加上来自魔法世界的少女战士春奈，与另一个吸血忍者少女瑟拉，甚至演变成步跟她们全同居在一起的局面……
《奈克瑟斯奥特曼EX：诗织 - 失落的记忆 -》是《奈克瑟斯奥特曼》特别篇，由北浦嗣巳导演、赤星政尚编剧。另外，本集未曾在电视插放，只在DVD版发行。
那还是人与非人的世界未曾分开的远古故事。流德雪尔率领的〈光之圣痕〉与魔神族的圣战，激化至波及布里塔尼亚全境。取得3个戒禁的艾斯塔罗萨失控暴走，带走了伊丽莎白。金、高瑟、霍克、沙利叶、塔米叶紧随其后，抵达了天空演舞场遗址。与此同时，在卡美洛城中，决定成为新魔神王的梅利奥达斯，在暗黑领域的茧中逐步获取戒禁。为了拯救梅利奥达斯的灵魂而将自身投入炼狱的班，徘徊于常人决无法存活的瘴气当中。逐渐明朗的艾斯塔罗萨的真正身份。崩坏的高瑟之禁咒。纠缠在一起的思绪将去往何方……真正的敌人是谁？应讨伐之人为何物？对抗“永远的生与永劫的轮回”这一命运，而持续了3000年旅程的梅利奥达斯与伊丽莎白。两人的旅途将会迎来怎样的结局——
你来做我的助手吧。”有着被卷入事件体质的少年・君冢君彦，在高空一万米的飞机中成为了自称是侦探的天使般的美丽少女・希耶丝塔的助手。两个人为了同世界各地的敌人战斗，三年来在世界各地飞来飞去，展开了令人目眩的冒险旅程。——不久之后，侦探就去世了。动荡的日子已经过去了一年。已成为高中三年级学生的君冢也沉溺在了名为日常的温水中，过着极其普通的学生生活。在这样的君冢身边出现了一个委托人。“你是名侦探？”以和同年级的少女夏凪渚相遇为契机，连接过去和现在的壮大故事再次开始了——
